爭取馬祖設立大學，一直以來都是民意代表的政見訴求，自然也是地區鄉親的期待，從早期的空中大學、銘傳大學在職專班及現在積極爭取設置的海洋大學馬祖分部，除了提供部分在地學子完善就學體系外，更吸引外來學子認識馬祖，引進學術人才與創意活力。
馬祖推動建置馬祖高等教育這一步，走來特別艱辛，當然自有馬祖本身條件的限制，在地學子人口不足雖然是一項缺點，卻非主要因素，主要還是因為外在條件及交通因素，馬祖受限既定的交通流量，及不確定的機場條件，讓外在資源的引入卻步。但隨著馬祖能見度提升以及交通的改善，似乎引入高等教育的契機再度來臨。
金、澎過去的模式可供參考，如前身高雄海專先成立澎湖分部，設水產養殖科、航運管理科，再陸續增設航運管理科、觀光事業科、水產養殖科二專夜間部，5年後獨立設校為國立澎湖海事管理專科學校，隨後改制國立澎湖技術學院，再升格為國立澎湖科技大學；金門則於民國84年7月3年請高雄科學技術學院設立分部，經過6年的經營，國立金門技術學院正式於民國92年8月1日獨立設校，民國99年6月14日獲教育部同意改制為國立金門大學。
金、澎初期的策略確實都是就近與高雄的大專院校合作，成立分部，隨後在運作成熟後正式成立大學，這也是最容易獲得教育部首肯的方式。而選擇位於基隆的國立海洋大學，對於馬祖是最適當的選擇，無論在地理接近性或是海洋資源發展上，都有著正面加分的效果。
馬祖臨海有著絕佳的海洋資源發展條件，馬祖高中亦有海事相關科系，但實際上能夠提供充足的學習資源有限，高等教育的目標便是培養社會發展的重要人才，澎科大的未來發展願景，便融入海洋產業科技、島嶼觀光休閒、綠能產業研發及雲端科技運用。
以海洋產業科技而言，就含括沿岸的養殖、海水箱網養殖、精製漁業及食品開發，再融入雲端科技的自動化養殖系統及養殖環境監控；再以島嶼觀光休閒而言，則包括生態旅遊、風帆手培養、文化觀光及文化創意產業，那一項不是離島發展的重點所在。
透過高等教育的引入，無論是學術人才或是在地產學的合作，都對於未來馬祖發展有著絕佳的幫助，目前馬祖不少人是海洋相關科系畢業，但實際從事相關工作的非常有限，因為馬祖並沒有足夠的海洋產業能夠吸納人才，更無法提供畢業學子工作的環境，也讓馬祖發展受到阻礙。
地方首長與民代攜手爭取國立海洋大學在馬祖設立分部，教育部初步同意第一年補助2500萬元，並預定成立海洋工程科技、水產生物科技學系及海運管理學系，海大為台灣海洋學術研究的重鎮，有著完整的學院與科系，無論是商船、輪機、航運管理、海洋觀光管理或是水產養殖，甚至是海洋資源研究等，都有著完整的師資與資源，更設有碩士及博士學程，不但對馬祖高中本身的職業學習有著絕佳助益，相信亦有助馬祖未來發展。
社論／推動馬祖高等教育的思考
- 2015-08-12
