馬祖與對岸一衣帶水，因政治分立而切割，馬祖海域目前均非兩岸的「領海」，就對岸而言，馬祖海域不在領海，而在其「內水」；對我方而言，金馬並未劃設領海基線，馬祖海域是在「禁限水域」內。

中華人民共和國於1996年正式發布77個領海基點，其中就包括東引島及東沙島（即我方所稱東引鄉南引島），東引成為「國之東疆」，亦即東引島以西是中華人民共和國的內水，東引島以東延伸12海里是中華人民共和國的領海範圍。內水和領海不同，內水具有與領陸相同的法律地位，有完全的排他主權，如外國船隻在領海有無害通過權，在內水則沒有無害通過權。

陸方的馬祖海域內水主張，最大的問題是其領海基點東引島，目前根本不是在陸方主權治理之下，東引領海基點是一個僅具宣示效果的「虛擬」領海基點，其衍生推論的內水與領海線，是虛擬內水與虛擬領海線，自然有瑕疵，難適用國際法，因此我方可主張該海域內水不予承認。

至於馬祖海域現行的禁限水域，是依據「臺灣地區與大陸地區人民關係條例施行細則」所訂定，由國防部公告，馬祖列島周邊低潮線向外延伸6千公尺為限制水域、4千公尺為禁止水域，大陸船舶未經許可，進入限制水域者，予以驅離；進入禁止水域者，強制驅離。由於台灣本島的禁限水域是由領海線、鄰接區線自動換軌，因此有中央官員將金馬禁限水域視為領海與鄰接區，但禁限水域與領海、鄰接區仍有不同，從外觀上來看，禁限水域其強制性比內水更為嚴格，我方在一般情況下，對於任何進入馬祖禁限水域的大陸船隻，都要進行驅離或強制驅離。簡單來說，在領海，外國船隻有無害通過權；在內水，船隻沒有無害通過權；在禁止水域，不但沒有無害通過權，還必須要強制驅離。

我方的禁限水域主張也有侷限與問題，禁限水域是兩岸內戰衍生的特殊海域制度設計，聯合國海洋法公約並無禁限水域的規定，因此我方所主張的禁限水域，並不具國際法效力。並且現行禁限水域由我方單方面劃設，禁限水域能否實踐，需要陸方的認同配合，或不得不認同配合。過去陸方對於禁限水域限的主張，並未抗議，我方在禁限水域限執法，長期以來陸方亦均予尊重，此可視為陸方默認我方主張的禁限水域。但目前兩岸關係低檔，對岸國台辦稱廈金海域「不存在禁止、限制水域」，讓長期以來的禁限水域制度出現危機。如果陸方船隻不怕「開入」，則馬祖禁限水域將被挑戰；如果陸方船隻不怕「開槍」，則馬祖禁限水域將會移動；如果陸方船隻不怕「開戰」，則馬祖禁限水域將會不存在。

金馬禁限水域是兩岸的特殊海域制度設計，當中國統一之時，或台灣獨立之日，金馬禁限水域將會消失，回歸領海與鄰接區的規定。如果陸方將金馬海域內水化，則傾向台灣獨立的一派可能順勢要求取消禁限水域，改以「國對國」的海域制度設計應對危機，對岸警艇近來侵蝕金馬禁限水域線的行動，可能獲致適得其反的結果。現階段如果無法提出或協議出更好的金馬水域制度，暫時先維持現行金馬禁限水域，可能仍是一個較佳方案。