我國「行政法人法」自民國100年公布施行後，近年來越來越多政府機關設立行政法人，以新的公部門組織型態來執行特定公共事務。馬祖有些公共事務由公家機關執行並非是最佳選項，未來本縣公部門在組織變革時，可以評估考慮行政法人法這樣的新型組織。

　行政法人是公法人的一種，是依公法而成立的法人，行政法人制度設計是為執行具有專業需求或須強化成本效益及經營效能的公共事務，其不適合由行政機關推動，同時也不適合由民間辦理，行政法人受政府委託，執行公權力行使程度較低的任務。例如中央有文化部監督的「國家表演藝術中心」、教育部監督的「國家運動訓練中心」、國防部監督的「國家中山科學研究院」等。

　地方亦可設立行政法人，地方行政法人的設立程序依「行政法人法」，由地方政府報請中央目的事業主管機關就特定公共事務之內容核定後，得據以制定地方行政法人組織設置自治條例。目前我國地方行政法人已有許多前例，可供地方參考借鏡，包括臺北市政府「臺北流行音樂中心」、高雄市政府「高雄市立圖書館」、新北市政府「新北市住宅及都市更新中心」、桃園市政府「桃園市社會住宅服務中心」、臺南市政府「臺南市美術館」、苗栗縣政府「苗栗縣苗北藝文中心」等。

　馬祖如要設立行政法人，可以考慮三個面向，評估採用行政法人是否比行政機關或財團法人更適合。首先是行政法人是否更能為馬祖網羅人才？縣府受限於公務人員任用法規定，公務人員必須通過國家考試，但馬祖在地通過國考鄉親仍是少數，馬祖具公務員資格的人才庫有限。行政法人具有人事上的用人彈性，不以國家考試方式進用人員，如果馬祖特定公共事務人才難覓，可以評估改由行政法人執行。

　其次，行政法人是否更能為馬祖公共事務提升行政效率？行政法人的資金雖來自政府預算，但行政法人在會計、財務以及採購上較為鬆綁，讓公共事務執行更具彈性與效率。馬祖某些公共事務，如果以行政機關來執行，僵化的會計、財務制約，有時不利公共政策的推動。馬祖特定公共事務如更需要靈活彈性與創意活力，則可以評估設立行政法人。

　最後，行政法人原則上採合議制，設有董（理）事會與監事（會），和行政機關的首長制不同，行政法人在合議制下更容易有周延、多元的討論與參與，減少首長制下的非專業之政治干擾，如果馬祖特定公共事務適宜由合議制決定，則可以評估採行行政法人制度。

　另外，行政法人並不是民間組織，行政法人仍受到機關與制度監督，包括了民意機關監督、監督機關監督、審計監督及公眾監督等，行政院人事行政總處也訂定「行政法人績效評鑑參考原則」，強化行政法人的績效評估。

　馬祖在戰地政務解除後，已經歷幾次組織變革，層層節制的公家機關科層組織，對於馬祖的公共治理與公共政策執行，有時並不是最適合的方式，未來馬祖在進行組織變革時，可以考慮以企業型政府組織型態處理執行公共事務，用行政法人提升馬祖公共政策的營運績效與服務品質。