馬祖各島地形崎嶇，農地分散，單塊農地面積過小，不宜機械耕作，不利農業發展。地區農業土地先天貧瘠，年雨量又低，無法滿足農業灌溉需求，農民隨著時日逐漸棄農另謀他就，導致荒地不斷擴增，這是目前地區農產業發展面臨瓶頸關口。但是，換一個角度思考，馬祖沒有工廠污染、生態破壞相對少的優勢，如果鼓勵農民以健康農業作訴求，並與觀光休閒產業結合，必然有利於創造馬祖前進發展的另一番盛況，創造馬祖的無毒農業特色與旅遊魅力。 

　由於自然環境不佳，早年地區僅能種植地瓜、豆類及少數蔬菜，居民生活大都困苦。地區曾種植罌粟，成為地區農民主要收入來源。國軍進駐後，在行政院農復會經費補助及技術指導下，積極發展農業。不斷由台灣引進新品種，進行種苗試驗，更新農具，供應肥料，地區民眾開始種植各式蔬菜，並飼養豬隻，農業漸具雛型。

　過去數十年來，馬祖的年輕人一波一波地離開家鄉到都市打拚，許多田地上，只剩下老農夫孤單的身影。農村人口逐漸老化凋零，田地荒蕪，放眼望去，孕育馬祖的土地需要新的生命力灌溉耕耘。如何妥善利用資源推展有機農業，吸引更多的人轉入有機農業的生產與行銷，以提升有機農業產值，找回失根的土地，或許是馬祖農業轉型的契機，甚至為馬祖的休閒旅遊帶來倍增的效益。

　馬祖農業現況問題，因農地面積不足、農作物病蟲害防治資訊缺乏、產品作物技術改良及品質有待提升、季節性作物(馬祖三寶：大白菜、高麗菜、蘿蔔)產量常常過剩，以及灌溉水源及集水設備待改善等問題；如依季節輔導轉種其他作物、建置小型雨水回收灌溉系統示範設備、吸引有意投入農漁業人力，逐步推廣發展精緻農業，包含網室栽培、水耕蔬菜及生態有機農業等，積極調整農業經營與人、地、水結構，將傳統農業轉型為新價值鏈農業，形塑農業成為年輕化、有活力、高競爭力且所得穩定之樂活農業，輔導農民轉業或朝向觀光休閒農業路線發展，地區的農業發展才能起死回生，也才有前景可言。

　有機農業是未來農業轉型趨勢，值得政府部門大力介入，讓有心從事有機農業的新世代農民，可以有安身立命的處所。地區農業始終以傳統的人力方式經營，大規模的機械耕作一直停滯在推廣的階段，乏人問津。不過，只要是找對方法，加上凝聚一群有心的專業組織，持之以恆，那麼再晚出發都不嫌遲。

　馬祖農業發展方向，在於著重輔導當地農民生產與技術提升層面，並應導入農場規劃、行程策劃、活動體驗設計、農場經營管理、資源利用整合、資訊蒐集、宣傳行銷等事務，俾利開創休閒農業園區，輔導發展高價值蔬菜採種、原生花卉栽培、生產藥用(養生)作物及農特產品。環保、永續、觀光一直是馬祖的發展基調，如何突破障礙，為特色農業開啟一扇大門，將是馬祖面對觀光永續發展的重要挑戰之一。