福澳行政旅運大樓興建目的是提供小三通與臺馬航班旅客一個機能充足的旅運空間，同時也滿足港區聯檢單位的辦公廳舍需求，興建之時並將形塑馬祖指標性建物，融合綠能與燕鷗等概念，在造型上為馬祖觀光加分。
福澳行政旅運大樓為「馬祖港福澳碼頭區擴建後續工程」的一環，也同樣是「馬祖港埠各碼頭區擴建及改善計畫」的一部分，縣府團隊經過多次會議討論研議，突破各項困難，福澳行政旅運大樓終於在民國101年10月12日，以新台幣4億4千餘萬元順利決標，預計730個日曆天完工。
福澳行政旅運大樓的基地位置，民國90年原設定於E1碼頭後線，而在後來的「馬祖港埠各碼頭區擴建及改善計畫」中調整至S1碼頭後線；經100年修正後，移至現有旅客中心北側向西延伸至升降橋台間，以就近提供旅運服務，串連觀光親水區。
未來福澳港區將進行多目標功能使用，因此該大樓將整合小三通內候船室與目前的旅客中心，有效利用港區土地，另外也集中聯檢CIQS單位進駐，並型塑馬祖指標性建築。旅運服務量預計將可服務新臺馬輪旅客660人、觀光郵輪800人與小三通220人。而在行政辦公廳舍方面，也將擴大到港務處及聯檢共10個單位。
縣府期盼透過這棟大樓與福澳港區的土地多目標利用，達到振興經濟與服務大型郵輪及小三通旅客的目的。
回顧101 縣政關鍵時刻系列報導－突破各項困難 福澳行政旅運大樓順利決標 融合綠能概念為馬祖觀光再加分
- 2012-12-24
