行政院衛生署疾病管制局第一分局馬祖辦事處：一、疫情彙報。二、防治諮詢。三、國際港口、機場檢疫業務。
衛生局：一、籌組疫災防治相關業務。二、疫情彙報。三、疑似病例及極可能病例個案及接觸者追蹤管理。四、疑似病例及極可能病例個案居家消毒事宜。五、防治措施宣導。六、配合中央發布疫情。七、協調各醫院資源及隔離病房支援之事宜，以利緊急個案後送事宜。八、防治諮詢。九、居家隔離觀察個案，提供每日到家訪視，並定時提供飲食與口罩。
教育局：一、建立各級學校、幼稚園、社教機構、補習班等防疫通報系統。二、督促學校訂定停課、復課相關計畫及防疫因應措施。三、督導各級學校辦理疫病防治教育宣導工作。四、學校及幼稚園消毒事宜。
警察局：一、協助災情查報、治安維護、交通疏導、犯罪偵防等事項。二、加強警政之社區聯防工作，以避免人為生物恐怖事件發生。三、護送病患、違規者之舉發及強制執行。四、疫區封鎖及警戒區管制。五、協助居家隔離事宜。六、接觸者協尋。
民政局：一、協助規劃強制隔離區、居家隔離違規者之舉發、隔離者觀察與服務。二、規劃跨區支援等事項。三、督導社會福利機構之衛生教育宣導及疫情通報作業。四、提供集中隔離場所民生物資、志工招募、保險、補貼、補助事項。五、接受民間捐款，辦理受災民眾慰問金之發放。六、病患屍體火化處理、罹難者家屬心理安撫。七、遊民及獨居者之查訪及庇護所建置。八、接觸者戶籍資料查詢提供。九、督促各鄉公所加強防治措施宣導。十、托兒所學童及安養機構等疫情通報及防治措施宣導。十一、托兒所發生緊急疫情時停課措施處理。十二、托兒所、安養機構消毒事宜。十三、民間社團之宣導及動員。
觀光局：旅遊業者及旅館業者宣導傳染病防治教育。
企劃室：一、新聞發布聯繫處理。二、相關法律及法規諮詢。
各鄉鄉公所：一、協助消毒藥品發放及宣導消毒事項。二、規劃強制隔離區。三、鄉前進指揮所設置。四、協助民政局提供民生物資。五、協助衛生局疫情調查、追蹤管理等相關事宜。六、接觸者戶籍資料查詢提供。七、督促各村加強防治措施宣導。八、協助各級學校及安養機構等疫情通報及防治措施宣導。九、協助各級學校發生緊急疫情時停課措施處理。十、協助機構消毒事宜。十一、協助民間社團之宣導及動員。十二、災區垃圾清運。
海巡隊、岸巡隊：一、漁民出入走私及大陸客管制查察。二、防範偷渡管制。三、協助衛生單位對新緝獲之大陸偷渡人民實施防檢疫。
醫療院所：一、疑似病例及極可能病例個案通報及收治事宜。二、醫療諮詢及防治宣導。三、預防院內感染事件的發生。
航空站：一、航空及航運之通報檢疫、症狀聲明表之填報。二、發現疑似病例之通報。三、航空站消毒事宜。
環保局：一、疫區環境消毒及廢水、廢棄物處理。二、消除環境病媒、昆蟲（蚊、蠅、蚤、蝨、鼠、蟑螂等）孳生源。三、災區垃圾處理。四、飲用水水質管制及抽驗。五、負責隔離中心及隔離病人垃圾處理及環境衛生清潔、消毒。
消防局：一、配合各醫院病患轉診及疑似疫情患者運送通報就醫勤務。二、居家隔離運送就醫勤務。三、配合協助疫災防救、應變相關之演習、訓練。
港務處：協助船舶船員及旅客緊急疫災防治標準作業流程，及船員自主健康管理十天內需再出境服勤標準作業流程。
交通局：縣內交通工具防疫安全因應措施。
馬防部：一、協調國軍支援、各鄉軍營隔離中心安置事項。二、支援各單位疫災相關事宜。
建設局：一、督導市場管理。二、規劃娛樂場所防疫因應措施。三、禽畜之監測、防疫相關措施。
工務局：一、污水下水道系統接管。二、配合設置發燒篩檢站及臨時集中隔離場所建築設備等事項。
人事室：宣導及協助公教人員或其親屬家人依中央規定，暫停赴疫災高危險區公差考察事宜
財政局：因應緊急疫災徵調本縣公務財產及房舍供疫情使用。
主計室：協助緊急疫災經費核撥及動用預備金相關事宜。
連江縣緊急疫災防治動員作戰工作小組工作職責／連江縣衛生局提供
- 2013-04-06
