馬祖各類產業中以與觀光產業密切相關之零售業、住宿及餐飲業為主，而各項製造業中食品業所佔比例最高，產品以地方特產及伴手禮產品為大宗。馬祖是產業弱勢地區，觀光產業近年已經成為支撐離島經濟發展的重要推手，一級產業轉形為休閒農漁業，二級產業也引入觀光工廠的範疇，更加重觀光、服務等三級產業的產值，觀光及其周邊相關產業的擴張成為馬祖產業能否進一步發展的關鍵。

購物是觀光客活動的重要活動之一，是觀光產業供給面必要的一環，深深影響觀光據點發展之成敗，因此伴隨觀光產業而行的特色產業對於離島產業發展中佔有舉足輕重之地位，其中食品製造業（伴手禮）又佔有極大的影響力。然而隨著近年食品衛生法規日趨嚴格，消費者對產品的衛生、健康、食用便利、在地特色等議題的要求提高，因應此趨勢離島特色產品業者需對新法規、新技術有更進一步的了解。

近年來馬祖推動觀光產業已見成效，所擁有之文化特色、天然資源的差異，衍生同中求異之特色產業發展方向，以「馬祖老酒及紅糟飲食文化」及「高粱酒文化」，結合原生植物、水產品等地方特色食材發展為主軸。然而觀光產業帶來之消費動能仍尚未充份轉接至特色產業，究其原因，與當地特色產品之原料管控、生產設施、製程、產品品質之競爭力不足，及消費者受食安事件之影響，消費信心不足，密切相關。

馬祖整體產業的主要問題，原料進口依賴大，取得成本高，在地生產之原物料量不足、價格高；技術落後，以食品產業為例，食品原料管控、加工製程及產品品管、衛生管理等均待加強；生產設備老舊，與食品良好衛生規範不符；企業結構中小企業居多，產量不具規模及競爭性；人口外移，年青之勞動人口普遍不足，從業人員年齡偏高，大多數是非食品體系出身，對食品衛生管理規範不熟悉；市場小，當地人口少、消費力不足，主消費群為觀光客，外銷（含銷售至台灣）比例低。

受限於原料、人力資源、食品衛生等自主管理觀念、生產技術設施等部份的不足，為改善馬祖產業發展，應規劃由原料端、生產端及市場端等不同面向著手輔導提升在地特產的競爭力，並以在地原生植物、海產品、酒類及其副產品、傳統特色伴手禮等在地元素為輔導重點，著手輔導馬祖企業提升自主管理及產品研發之能力，協助馬祖業者推廣在地特產，以提升競爭力，促進馬祖產業發展。

馬祖地區具工廠登記之食品業者僅佔少數，多數為僅具營業登記之微型企業，由於資本額小，且職工普遍年齡較長且教育程度偏低，政府應加強輔導能量，另案規劃輔導計畫，以期能符合需求，促進地方產業精進升級。