近年來，隨著交通的不斷進步及觀光產業的日益興盛，環境與發展間的平衡成為重要課題，唯有增加生物多樣性，創造永續循環的環境，產業才能夠永續的發展。因此，要創造健康的島嶼、幸福的馬祖，就必須因應現況重新檢討並重新定位馬祖未來整體發展方向，以達成永續發展之目標。

　馬祖原住民多來自閩東一帶，建築形式、習俗文化多受到閩東文化影響，且馬祖由地形起伏的海島群所組成，在人文及自然的交互作用下，形成了與山海共居的生活地景及馬祖獨特的飲食與酒文化。而馬祖雖占地狹小，卻擁有許多世界級資產，包括：瀕臨絕種的神話之鳥－黑嘴端鳳頭燕鷗、引起國際考古學界關注的亮島遺址、世界密度最高的坑道、據點等遺留自軍管時期的戰爭遺址以及「擺暝」和「迎神」等馬祖特有的非物質性文化資產，這些珍貴的資源是馬祖未來發展的基底，一旦遭到破壞便可能無法恢復，馬祖特有的區域獨特性將無法永續經營。

　回顧馬祖永續發展歷程，為推動離島開發建設、健全產業發展、維護自然生態環境、保存文化特色、改善生活品質、增進居民福利，政府乃制訂「離島建設條例」，於89年4月5日公佈施行。民國93年經建會召開二次永續離島建設懇談會，一致認為未來離島建設應促進離島居民之福祉，並朝永續發展方向推動，以避免不當開發造成自然、人文生態破壞。當年經建會爰訂定「促進離島永續發展方針」作為研修訂及審議離島縣市綜合發展計畫、綜合建設實施方案及各項建設計畫之最高指導原則。

　永續發展一詞是目前國際趨勢也早已傳遍大街小巷，然如何永續經營卻更為重要；一個地方若要永續發展必定得從在地出發、了解自身資源開始，並將這些資源作為所有發展的基底，一旦破壞了這個基底，所有建設都無法永續經營。然近年來由於「國旅」熱潮興起，帶動了馬祖整體觀光產業的發展，也呈現出馬祖在承載量、土地利用、交通運輸、遊憩型態、產業經營、觀光行為與居民日常生活等各面向上必須要面對的課題。

　工業革命以前的人類生活，是與自然緊密共生，由自然中獲取生存所需資源，並循環再利用；經濟系統也是以小規模、可在地循環的經濟系統為主。這樣的生活模式，相較於資本主義高度發展的現今社會，相對是較穩定、安全、不虞匱乏，永續的發展系統。因此，近年來國際間也開始推動循環經濟的理念，重新連結人與自然的關係，重新建構可再生循環、自給自足的經濟系統，對於資源相對較為匱乏的馬祖，這正是永續發展之道，且由於馬祖面積較小、人口較少，更是適合操作永續經濟體系的基地。

　相較於台灣本島，離島面積人口規模皆較小，且由於島嶼生態系統脆弱，馬祖發展應強調人文及自然環境保全與觀光發展，強調環境保育及文化保存的國土空間，以發展特殊的生態與文化體驗為主，才能降低觀光人潮可能帶來的環境衝擊。