為了保護燕鷗生態，連江縣政府在2000年5月將東引雙子礁、北竿的白廟、中島、鐵尖、三連嶼，莒光的蛇山，南竿的進嶼及劉泉礁等八個無人島礁劃設為燕鷗保護區，讓黑尾鷗、紅燕鷗、蒼燕鷗、白眉燕鷗、大鳳頭燕鷗等，每年繁殖季都可以在島上安心孕育下一代。燕鷗是馬祖具有生態指標意義的資源，觀光是馬祖的發展主軸，現在又到了燕鷗繁殖季節，尤其神話之鳥--黑嘴端鳳頭燕鷗的發現及繁殖紀錄，不但凸顯了馬祖在鳥類地理分布上的特殊地位，更將馬祖的賞鳥活動推向國際。

　過去被視為「不毛之地」的馬祖，在經過軍民數十年的綠化植栽後已呈現翠綠的景象；過去被人喻為「鳥不生蛋」的馬祖列島，經過最近十多年的調查與發現，馬祖的動植物生態更是令人刮目相看，原生植物的種類很多，特別是鳥類生態的豐富多元，讓馬祖成為新的賞鳥天堂。神話之鳥－黑嘴端鳳頭燕鷗，更是讓馬祖在國際間聲名大噪，儼然成為馬祖最佳的觀光大使。

　馬祖生態保育的觀念在近年來有重大的觀念突破，從保護區成立之初，地區漁民的反彈開始，到現在法令深植人心，每年4到10月禁止登島的措施，已得到大多數漁民的認同；不僅漁民如此，這個保育觀念的風行，也改變了馬祖軍方的作法，將例行性的軍演火砲射擊改期，在生態燕鷗季期間，全面停止相關的火砲射擊活動，讓燕鷗們停留在馬祖列島的這段期間裡，能享有安全靜謐的繁殖休憩環境。這項作法除了呼應民間保育人士之外，更是保育觀念上的一大突破。

　現階段馬祖面臨最大的困境是禁止進入保護區的命令，對為數龐大的大陸漁船而言，管制效益有限；多年來馬祖各島的保護區飽受大陸漁船干擾之苦，政府負責管制單位無法澈底根除越界捕魚情事，我們經常可以看到大陸漁船在保護區近岸處下網捕魚，漁民甚至上岸採蚵，這些都可能是影響燕鷗生態的不當作為。海巡單位雖不斷的取締卻得不到全面禁止的效果，這就是馬祖燕鷗生態最大威脅和隱憂。

　近年來在民間保育人士奔走下，大陸方面對燕鷗保育也有了具體作為，包括福建、浙江等地也劃定部份淺灘為保護區，但要沿海漁民全面認同保育作業並遵守相關管制規定，我們認為兩岸還要持續努力。所以我們的保育工作要更加積極，在例行性的調查工作之外，期望透過兩岸共同的重視，讓燕鷗保育在大陸方面的層級拉高，以便落實到第一線的保育戰場。燕鷗是馬祖具有生態指標意義的資源，彌足珍貴的自然資源，我們一定要努力維護與尊重，從永續角度出發為馬祖生態做更多努力。