經濟部中央SBIR對依法設立且正常營業之中小企業，並無「設立須滿一年」或「復業須滿一年」的一般限制。然而縣府協辦SBIR之前原無此規定，卻因後來曾發生弊案，因噎廢食自行增設設立或復業須滿一年之門檻，明顯與中央鼓勵新創及中小企業投入創新研發的政策精神背道而馳，倘若這樣就可以完全防弊，中央的申請須知就會有這條件限制.
現有馬祖民眾有意創業、新成立公司行號，或原有合法登記之公司行號曾因故辦理停業，現欲重新復業並投入創新計畫，卻因「須滿一年」的限制，即使已依法登記、復業，仍無法申請當年度SBIR，必須再等到下一年度，實際上甚至可能與隔年的例慣例申請截止期衝突不滿一年，而再得延二年。
然而市場與商機不會等待。創新計畫往往具有時效性，若因一年門檻錯過當年度申請期程，可能連帶錯失產品研發、投資及市場進入的最佳時機。
縣府一方面積極招商、鼓勵創業及產業進駐，另一方面卻以中央無此限制，而馬祖卻有的一年門檻限制新設及重新復業業者申請SBIR，兩者政策精神顯然矛盾。且難怪每年幾乎多都是舊面孔的店家業者在申請，真正新創業者比例少.
防弊有其必要，但不能因過去少數弊案而因噎廢食，以一刀切方式限制所有正常創業者。真正應防範的是虛假申請、空殼公司及補助濫用，而非依法登記、復業並實際經營的業者。
因此強烈要求取消與中央申請規定，以及多數縣市皆無此SBIR「設立或復業須滿一年」之限制，或將限制條件改為3個月或半年，以實際營業事實及計畫內容進行實質審查。勿讓防弊措施反而成為地方招商、創業與創新發展的障礙。
