「馬祖福澳港浮動碼頭興建」計畫，最初係由本縣港務處於九十四年初，委請基隆港務局協助作初步評估規劃，其設施較為簡易且未將整體旅運動線納入規劃，後轉由交通部觀光局馬祖國家風景區管理處協助辦理規劃，經多次專家學者會議，配合現地港域波浪穩定度與實際狀況需求評估等諸多因素，仍無法定案。基此，縣府即於九十五年五月決定指示由本縣港務處接辦，以利本案計畫之興建工程能順遂推動。
本縣港務處接辦後積極辦理，即於九十五年六月完成規劃設計暨施工監造決標，並於同年十一月份完成測量及鑽探工作，在這期間(九十五年八月)，縣府即已函轉交通部，為辦理「福澳港區新設浮動碼頭工程」案預估總經費新台幣陸仟肆佰多萬元，惠請該部同意撥付。
直至九十六年六月交通部始研議初審擬予同意報請行政院鑒核賜准。惟行政院經會洽主計處、公共工程委員會及經建會後，綜提意見復請縣府補充說明。縣府基於本工程之急迫性與必要性，再行修正後報請交通部、行政院秘書處、經建會及曹立委國會辦公室，惠予照案同意。
同年十月份交通部再次初審同意報請行政院鑒核賜准，其工程費用擬由九十六年度之馬祖港埠建設補助款尚未動支之經費先行勻支辦理。然行政院經建會表示意見如下：(1)動支經費在實體上及程序上均不宜移用；(2)請檢討「馬祖地區港埠整體規劃及未來發展計畫」中各碼頭之競合關係、興建必要性與優先順序後，研提修正計畫報院核處。爰此，縣府又歷經多次修正(含計畫經費調整至新台幣一億七仟伍百多萬元)並行文交通部、副知行政院經建會及曹立委國會辦公室，方於九十七年九月份於行政院離島建設指導委員會工作小組第42次會議中由縣府專案簡報後作成決議：同意分別依程序報核，即同意以個案方式先行報核興建。
縣府依據前開決議即行文交通部，該部也於九十七年十月二十日已核轉行政院敬請鑒核賜准，其內文概述如下：基於本案浮動碼頭之設置目的係在改善旅客上下碼頭之安全性與舒適性，部分碼頭範圍為浮動碼頭型式並未改變處理能量，應無涉及碼頭競合問題，又鑑於「馬祖港埠整體規劃及未來發展計畫(民國96~100年)」報核審議頗為費時，而本案涉及旅客安全之確保，有其急迫性，且可於短期內完成，立即改善馬祖地區運輸環境，爰決議同意將本案與整體發展計畫分別依程序報核。
本案係縣長指定之列管專案，除縣府交通局每週自行追蹤進度，每月應簽請縣長核示且公布周知，期許能早日完成。只要行政院核定同意，縣府即可轉行港務處立即發包，依計畫期程興建辦理。
福澳浮動碼頭進度說明／連江縣政府交通局提供
- 2008-11-08
