一、港務處為協助旅客迅速辨識各航線通關動線，已於售票大廳及出境入口處設置資訊看板，清楚標示新臺馬輪、小三通黃岐線及琅岐線之通關時間與開航時間，於通關入口處有船商引導旅客並協助處理突發及緊急狀況，本處亦派員巡察，維持秩序與流暢動線。
二、出境通關入口採各航線分段通關分流，並透過資訊看板及廣播主動通知旅客：原則上新臺馬輪通關時間為8:30-09:20，黃岐線通關時間為09:20-09:40，琅岐線為09:40-10:00，相關資訊各航商均有廣播加強引導，如航班時間異動，亦會調整相關資訊及廣播引導旅客依序通關。
三、特別提醒旅客，航商公告之「開航時間」並非「通關時間」，為確保權益，請各位旅客於所屬航線通關時段內依指示排隊及出境；如有疑問，現場服務人員隨時提供協助。
本處對出入境動線及標示設施採取持續精進及優化，以維護旅運秩序，提供更安全、便利、友善的碼頭服務。
