馬祖日報前身為登步報，係紀念著名之登步大捷而誕生，每旬出刊一張，發行軍中素享盛譽，嗣後，隨部隊進駐馬祖。為配合地區環境需要，民國四十四年元旦更名為馬祖日報，每日以油印發行八開一張，四十六年八月二十六日正式結束。後增加排版印刷機械等設施，一份綜合新聞、專欄、藝文的完整鉛印的馬祖日報正式於四十六年九月三日創刊並定為社慶。

    馬祖日報原隸屬於馬祖指揮部，員工均由軍中官兵調用，至民國五十三年七月一日改隸馬祖政務委員會，由馬祖防衛司令部政戰主任兼政委會秘書長為發行人，社長由軍職派任，員工為依法任用之公務人員及軍方徵調支援。民國七十一年元旦首次改版，軍版、地方版分離，民間新聞開闢獨立專版，並成為新聞版面主角。七十四年九月三日擴版為對開一大張半。

    民國八十一年，戰地政務實驗終止，實施地方自治，馬祖日報歸屬縣營，始為完全地方性之報紙，並由縣長兼任發行人，社長由文職派任。

    為秉持改革創新理念，並提升報紙之品質，八十一年規劃電腦化作業，八十二年九月三日即由傳統鉛印步入電腦排版，為馬祖日報革命性突破。民國八十四年元旦，復進行改版，大幅擴充地方新聞質與量，以貼近地方生活脈動，達成社區報紙之目標。

    改版後的四個版面，第一版為國內外要聞版，接收中央社發佈國內外重大新聞事件；第二版為省、縣要聞，報導地方新聞資訊；第三版上半版為地方脈動，分鄉村新聞、特別專題、特別報導及星期畫頁、意見橋等，第三版下半版為生活資訊版，提供氣象、潮汐、海、空中交通時刻、醫院門診作業以及金融資訊等；第四版上半版為萬象生活版，有學生園地、軍事與文學、生活廣場、健康天地、體育影視、大千世界、醫藥新知，第四版下半版為副刊園地。

    為掌握媒體趨勢發展，馬祖日報電子報於八十八年三月二十九日上網，跨越空間、時間傳遞訊息，同年九月三日電子報重新改版，除每日新聞資訊快速上網外，並增設「政商服務」、「交通資訊站」、「鄉土文學」、「氣象報告」、「投稿信箱」等。

    為更貼近在地生活，落實社區化報紙型態以及兩岸小三通試辦，民國九十年九月三日全面調整及全新改版，以充實鄉土新聞，擴大四鄉五島新聞容量。

    本報全新改版，第一、二版增加地方新聞版面外，並因應兩岸小三通，增闢兩岸視窗、大陸福建新聞動態，以使兩岸人民在頻繁的互動中提供資訊新視窗。

附記：馬祖日報改為鉛印過程

    馬祖日報改為鉛印之籌備工作，倡議於四十五年端節，當時總政治部主任蔣堅忍將軍於是年端節高登巡視時，同行者尚有新聞界碩彥黃天鵬，深知馬祖交通不便，官兵無報可讀之苦，乃有發行鉛印日報之議。當時蔣堅忍將軍暨同時在高登勞軍之新聞大老馬星野先生均表贊同，終以無具體實行方案而擱置。及至四十六年二月，軍聞社社長漆高儒來馬祖勞軍，亦深感馬祖為無新聞之沙漠地帶，乃向前線最高指揮官建議創設鉛印日報於馬祖，深得指揮官之贊同，返台後立刻向蔣堅忍將軍建議，立即獲得支持，由總政治部、軍友總社各撥籌備專款十萬元，並下令組成籌備小組，由軍聞社漆社長、青年戰士報蕭社長，國防部印製廠黃廠長為籌備委員，由漆社長為召集人，並任命徐搏九為執行幹事，負責執行工作，經過六個月之籌備工作方告一段落。

    馬祖日報鉛印設備於八月三日運抵馬祖，經過一個月之整理，乃告完成，鉛印馬祖日報正式於「九三」創刊。

    策劃印製地方叢書：
（一） 民國八十五年：「躍動活力、迎向希望」八十五年運動大會成果專輯。
（二） 民國八十七年：「真情、活力、新馬祖」八十七年縣運動大會成果專刊。
（三） 民國八十八年：「觀光元年．定情馬祖」八十八年連江縣觀光季成果專刊。
（四） 民國八十九年：「快樂躍千禧．馬祖展新機」八十九年縣運動大會成果專刊。 
           「千禧龍年．相約馬祖」八十九年連江縣觀光季成果專刊。 「連江水」匯集年刊（合訂本）
（五） 民國九十年：「歷史直航．連江新運」兩岸小三通成果專刊。 
           「馬祖歲時節慶－元宵」成果專刊。 
           「時光隧道、珍藏馬祖－馬祖日報四十四年選集之一」專刊。